Rodaminy i jej pochodne

Rodaminy są pochodnymi ksantenu strukturalnie spokrewnionymi z fluoresceiną, ale z dodatkowymi podstawnikami chemicznymi, które przesuwają ich widma wzbudzenia i emisji na dłuższe fale. Do najczęściej stosowanych rodamin należą rodamina 110, rodamina macierzysta, tetrametylorodamina (taka jak TAMRA lub TRITC) oraz X-rodaminy (takie jak czerwień teksańska®). W porównaniu z kumarynami i cyjaninami, fluorescencja rodamin jest generalnie bardziej odporna na fotodegradację i niewrażliwa na zmiany pH. Jednakże koniugaty rodaminy są szczególnie podatne na samowzmacnianie. Gdy więcej niż dwa lub trzy fluorofory są kowalencyjnie przyłączone do cząsteczki docelowej, takiej jak przeciwciało lub kwas nukleinowy, następuje znaczna utrata fluorescencji.

Rodamina Barwniki reaktywne

Reaktywna fluorescencyjna rodamina i pochodne rodaminy są szeroko stosowane do kowalencyjnego znakowania biomolekuł, takich jak przeciwciała, węglowodany, kwasy nukleinowe, białka, peptydy i oligonukleotydy. W wyniku intensywnie jasnej i fotostabilnej pomarańczowej fluorescencji koniugaty rodaminy są często stosowane jako substraty do wykrywania aktywności enzymatycznej lub w celu zapewnienia kontrastu w wielobarwnych badaniach fluorescencyjnych w połączeniu z niebieskimi, zielonymi lub dalekoczerwonymi sondami fluorescencyjnymi. Rodamina i pochodne rodaminy są łatwo dostępne w różnych chemikaliach znakowania barwnikami, są to m.in:

• Estry sukcynimidowe/estry NHS – do znakowania wolnych amin (-NH₂ ) na przeciwciałach, białkach, peptydach, oligonukleotydach modyfikowanych aminami i innych biomolekułach
• Maleimidy – do znakowania grup sulfhydrylowych na przeciwciałach, białkach i peptydach
• Azydki – do znakowania grup etylenowych metodami chemii kliknięć
• Alkeny –do znakowania azydków metodami chemii kliknięć
• Hydrazydy –do znakowania grup aldehydowych i ketonowych
• Kwasy karboksylowe – do znakowania amin po wstępnej aktywacji karbodiimidami lub do estryfikacji alkoholi metodą Steglicha
• Aminy – do znakowania różnymi związkami elektrofilowymi, takimi jak aktywowane estry
• Tetrazyny –do znakowania związków z grupy trans-cyklooktenów (TCO) poprzez reakcję Dielsa-Aldera z odwrotnym rozkładem elektronów (Inverse-Electron-Demands)
• Fosforoamidyt – do znakowania oligonukleotydów

Substraty enzymatyczne znakowane rodaminą

Rodamina i jej pochodne są często wykorzystywane do przygotowania fluorogenicznych substratów do wykrywania aktywności enzymatycznej w komórkach i roztworach. Po hydrolizie przez dany enzym, substraty modyfikowane rodaminą wykazują wzrost intensywności fluorescencji, który jest liniowo proporcjonalny do aktywności enzymu. AAT Bioquest oferuje szeroki asortyment substratów modyfikowanych rodaminą do wykrywania aktywności kaspaz, proteaz, peptydaz, fosfataz i innych.

Koniugaty znakowane rodaminą

Koniugaty znakowane rodaminą mają szeroki zakres zastosowań w obrazowaniu biologicznym i znakowaniu biologicznym ze względu na ich jasnopomarańczową fluorescencję i doskonałą fotostabilność. Pochodne rodaminy mogą być znakowane do przeciwciał, streptawidyny, falloidyny, aneksyny v, dekstranu i innych biomolekuł w celu badania apoptozy, znakowania organelli lub poprawy czułości testów poprzez wzmocnienie słabych sygnałów.

Wskaźniki pochodne rodaminy

Wskaźniki rodaminopochodne są ważnymi narzędziami w badaniach biochemicznych i komórkowych. Są one stosowane we wszystkich głównych typach aplikacji obrazowania fluorescencyjnego, w tym w cytometrii przepływowej, mikroskopii fluorescencyjnej i testach opartych na płytkach fluorescencyjnych. AAT Bioquest oferuje szeroką gamę wskaźników rodaminopochodnych do pomiaru pH komórkowego, stężenia wapnia, proliferacji komórek, żywotności komórek i innych.