Technika RISA – Metoda RISA Analiza rybosomalnych sekwencji między genowych

Czym jest metoda RISA?

Metoda RISA, czyli analiza rybosomalnych sekwencji międzygenowych używana jest przy analizie różnych rodzajów drobnoustrojów. Służy do porównywania kultur bakteryjnych, które odróżnia rodzaj środowiska, w którym żyją bądź metodą leczenia. Jest to metoda działająca bez uprzedzeń w podejściach zależnych od kultury. Jest znana również jako „community fingerprinting”

Przebieg procesu:

Technika RISA opiera się na metodzie amplifikacji PCR regionu operonu genu rRNA znajdującego się pomiędzy małą (16s) i dużą (23s) podjednostką rybosomalną. Jest to tak zwany międzygenowy region rozdzielający (ISR). Poprzez zastosowanie starterów oligonukleotydowych ukierunkowanych na konserwatywne regiony w 16S i 23S, fragmenty RISA możemy wygenerować z większości dominujących genów bakterii w próbce środowiskowej.

W odróżnieniu do większości operonu rRNA, który pełni funkcję strukturalną, części RISA mogą kodować tRNA w zależności od gatunku bakterii. Jednakże, taksonomiczna wartość ISR polega na za znacznej heterogeniczności zarówno pod względem długości jak i sekwencją nukleotydów.

W metodzie RISA wykorzystujemy różnorodność długości ISR, która jak wykazano mieści się w zakresie od 150 do 1500 bp.
Produkt uzyskany w procesie PCR jest mieszaniną fragmentów dostarczonych przez kilka dominujących osobników danego gatunku. Następnie produkt ten poddaje się elektroforezie w żelu poliakrylamidowym, a DNA wizualizuje się po barwieniu.

Wynikiem elektroforezy jest złożony wzór pasm, który zapewnia profil specyficzny dla danego gatunku, gdzie każde pasmo DNA odpowiada odpowiedniej populacji bakterii.

Czym jest technika odcisku palca?

Technika odcisku palca to technika laboratoryjna stosowana do określenia prawdopodobieństwa w tożsamości osoby na podstawie sekwencji nukleotydów pewnych regionów ludzkiego DNA, które są unikalne dla poszczególnych osób. Pobieranie próbek DNA jest wykorzystywane w różnych sytuacjach, takich jak dochodzenia karne, inne cele kryminalistyczne i testy na ojcostwo. W takich sytuacjach dąży się do dopasowania się do siebie dwóch próbek DNA

Zastosowanie technik fingerprint daje możliwość oceny występowania różnic pomiędzy populacjami mikroorganizmów, nie zapewnia jednak bezpośredniego określenia przynależności taksonomicznej

Co możemy zidentyfikować metodą RISA?

Za pomocą metody RISA możemy zidentyfikować bakterię Enterococcus cecorum. Należy ona do patogenów oportunistycznych i może odgrywać rolę czynnika etiologicznego chorób ludzi (głównie zakażenia szpitalne), kurcząt i gołębi. Ostatnio bakteria ta wydaje się być zagrożeniem dla przemysłu drobiarskiego na całym świecie. Zakażenie tą bakterią u kurcząt może spowodować posocznicę, zapalenie wsierdzia bądź w poważnych przypadkach martwicę mózgu i encefalomalację.

Bakteria ta rzadko atakuje organizm ludzki, lecz zdarzają się przypadki zakażenia płytki przepukliny pooperacyjnej i kolonizacji w drogach moczowych.

Źródła

https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosomal_intergenic_spacer_analysis
https://www.eeescience.utoledo.edu/faculty/sigler/Von_Sigler/LEPR_Protocols_files/RISA.pdf
https://www.vetpol.org.pl/dmdocuments/ZW_2012_07_08.pdf
https://archiwum.inig.pl/INST/nafta-gaz/nafta-gaz/Nafta-Gaz-2013-11-04.pdf
https://www.genome.gov/genetics-glossary/DNA-Fingerprinting
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2052297515000517
https://bmcvetres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12917-016-0761-1
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30339512/